Obóz Stutthof, który status „państwowego obozu koncentracyjnego” uzyskał dnia 7 stycznia 1942 r., faktycznie założony został w chwili wybuchu II wojny światowej, w dniu 2 września 1939 r. Usytuowany niedaleko wsi Stutthof, w obrębie Wolnego Miasta Gdańska, w pierwszej fazie swojego istnienia obóz Stutthof miał odegrać szczególną rolę w realizacji rozwiązania kwestii polskiej na terenie Pomorza Gdańskiego. To tu już od pierwszych dni wojny osadzano ocalałych z pogromów, jakie dokonywały specjalne grupy operacyjne policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa w (Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und Sicherheitsdienst) Polaków i Żydów, elementów zagrażających opanowaniu przez III Rzeszę Pomorza Gdańskiego, do których zaliczano także chorych psychicznie. Ich również objęto akcją zagłady, prowadzoną w ramach tzw. „akcji oczyszczania” (Säuberungsaktion).

Jeszcze przed wojną działające na Pomorzu niemieckie „oddziały samoobrony” (Selbstschutz) sporządziły wykaz osób, według którego już od pierwszych dni wojny przystąpiono do masowych aresztowań. Osoby te w pierwszej kolejności miały zostać poddane planowej akcji eksterminacyjnej. „Akcją Tannenberg”, której celem miała być likwidacja „polskiego żywiołu” na terenie Wolnego Miasta Gdańska miano przede wszystkim objąć przywódców społeczno – politycznych ludności polskiej z tego terenu, do których zaliczano polskie duchowieństwo, nauczycieli, członków Związku Zachodniego, Członków Ligi Morskiej i Kolonialnej, przedstawicieli polskich stronnictw i partii politycznych działających na terenie Wolnego Miasta Gdańska i całego Pomorza Gdańskiego.

Do stycznia 1942 r. obóz Stutthof nie podlegał bezpośrednio centralnym władzom SS w Berlinie. Nosił on wówczas nazwę Zivilgefangenenlager Stutthof i jako obóz lokalny był przede wszystkim miejscem internowania ludności polskiej z terytorium Gdańska i Pomorza Gdańskiego. Dopiero po dwóch latach starań, przypieczętowanych wizytą Reichsführera SS Heinricha Himmlera 23 listopada 1941 r., w dniu 7 stycznia 1942 r. Stutthof został obozem koncentracyjnym.

Od 2 września 1939 r. komendantem obozu Stutthof był SS-Obersturmbannführer Max Pauly, który sprawował tę funkcję do 31 sierpnia 1942 r. Po przeniesieniu go na stanowisko komendanta KL Neuengamme, zastąpił go SS-Hauptsturmführer Paul Werner Hoppe, pełniący funkcję komendanta KL Stutthof do końca istnienia obozu, tj. do maja 1945 r. Jego zastępcą, kierownikiem obozu z tytułem I Schutzhaftlagerführera, szefem Wydziału III w latach 1942 - 1945 był SS-Hauptscharführer Teodor Traugut Meyer. Był on odpowiedzialny za porządek i dyscyplinę na terenie obozu, odpowiadał za zakwaterowanie więźniów, ich zatrudnienie oraz nadzorował wykonywanie kar. Wydział III prowadził również centralną ewidencję więźniów.

Pierwszy transport więźniów, który przybył do wyznaczonego pod przyszły obóz miejsca w dniu 2 września, liczył około 150 osób. Zostali oni wyselekcjonowani z aresztowanych w dniu 1 września na terenie Gdańska Polaków i miejscowych Żydów i dostarczeni do obozu kilkoma autobusami miejskimi.

Od 1942 r. do obozu koncentracyjnego Stutthof zaczęły nadchodzić transporty więźniów z różnych regionów Polski i innych okupowanych krajów europejskich oraz z innych obozów koncentracyjnych.

W ciągu ponad 5 lat działalności obozu koncentracyjnego Stutthof zarejestrowano w nim łącznie około 110 000 więźniów. Byli oni obywatelami 28 państw, zarówno europejskich, będących pod niemiecką okupacją, ale i państw neutralnych oraz Stanów Zjednoczonych, których napływ do KL Stutthof nastąpił od 1942 r. Więźniów kierowały do obozu placówki policji, jak również przybywali oni w transportach z innych obozów koncentracyjnych oraz gett.

W przysyłanych wówczas transportach z obozów koncentracyjnych Buchenwald, Dachau, Neuengamme, Mauthausen, Flossenbürg i Sachsenhausen znajdowali się Polacy, Niemcy, Czesi, Holendrzy, Belgowie, Francuzi, Norwegowie, a także Żydzi.

W latach 1942 – 1944 do KL Stutthof napływały transporty więźniów z Dani, Norwegii i Finlandii oraz z Litwy i Łotwy. Na uwagę zasługuje tu grupa więźniów tzw. Ehrenhäftlinge (więźniowie honorowi), którą stanowili aresztowani i osadzeni w KL Stutthof w kwietniu 1943 r. przedstawiciele inteligencji litewskiej – profesorowie uniwersytetu, członkowie parlamentu, prokuratorzy, inżynierowie, księża, lekarze oraz przedstawiciele inteligencji łotewskiej. Wzmożony napływ członków łotewskiego ruchu oporu nastąpił w II połowie 1944 r., kiedy to w aktach obozowych odnotowano około 3000 Łotyszy.

Lata 1942 – 1944 to okres napływu do KL Stutthof więźniów także z innych regionów Polski. Dnia 22 maja 1942 r. po raz pierwszy pojawili się w KL Stutthof więźniowie z warszawskiego więzienia na Pawiaku. Kolejnych 859 więźniów z Pawiaka odnotowano w aktach obozowych dnia 25 maja 1944 r. Większość stanowili więźniowie polityczni, członkowie podziemnych organizacji działających w Warszawie. Pod koniec sierpnia i września 1944 r. do KL Stutthof przybyła największa grupa więźniów z Warszawy. Z obozu przejściowego w Pruszkowie przysłano wówczas łącznie 4432 osoby - cywilną ludność deportowaną z Warszawy w ramach likwidacji powstania warszawskiego, oraz grupę łączniczek Armii Krajowej.

W ramach likwidacji polskiego ruchu oporu przysyłano transporty ludności polskiej z terenów białostocczyzny. Za udział w partyzantce, czy też za udzielaną partyzantom pomoc lub ewentualne im sprzyjanie w latach 1943 – 1944 w KL Stutthof osadzono około 2500 chłopów polskich i białoruskich pochodzących z terenów wschodniej Polski.

Odrębną grupę, ze względu na sposób traktowania ich przez władze obozowe – izolację, wykorzystywanie do najcięższych prac, poddawanie selekcjom i likwidację metodami masowej zagłady, stanowili Żydzi, których łącznie osadzono w KL Stutthof

około 50 500 osób. Byli obywatelami prawie wszystkich państw europejskich – Polski, Węgier, Litwy, Łotwy, Czech i Słowacji ale też Niemiec, Austrii, Francji, a nawet Turcji, Szwajcarii, Luksemburga, Lichtensteinu, Norwegii, Holandii, Belgii i inni.

W ciągu wszystkich lat działalności KL Stutthof na jego terenie odbywały się egzekucje mające na celu eliminację przede wszystkim jednostek niepożądanych, czy to ze względów rasowych, czy też politycznych. Egzekucje były też jedną z form zastraszenia i terroru stosowanego w obozie.

Pierwsze egzekucje miały na celu wyeliminowanie z więźniarskiej społeczności jednostki najbardziej zasłużone dla polskości Pomorza Gdańskiego. W wyniku wyroku policyjnego sądu doraźnego (Standgericht) już 11 stycznia 1940 r. rozstrzelano 22 działaczy Polonii gdańskiej i pracowników polskich urzędów państwowych z terenu Wolnego Miasta Gdańska, a 22 marca 1940 r. dalszych 67.

W latach 1942 – 1945 w okresie nasilenia się transportów z więźniami politycznymi wzrosła liczba wykonywanych wyroków śmierci w wyniku zastosowania „specjalnego traktowania” (Sonderbehandlung - SB). Niektórzy z więźniów przybywali do obozu już z wyrokami śmierci wydanymi przez Sondergericht lub Standgericht. Wśród więźniów straconych za działalność polityczną znajdowali się Polacy, głównie za przynależność do organizacji ruchu oporu oraz Rosjanie, przede wszystkim jeńcy wojenni przysyłani z obozów jenieckich za ich działalność komunistyczną na terenie obozów jenieckich.

Od połowy 1944 r. na terenie KL Stutthof w celu uśmiercania więźniów zaczęto stosować komorę gazową. Akcją bezpośredniej zagłady objęto głównie osadzone w II połowie 1944 r. Żydówki, wyselekcjonowane z przybywających transportów, które ze względu na zły stan zdrowia nie można było wykorzystać jako bezpłatnej siły roboczej w niemieckim przemyśle zbrojeniowym. Śmierć w komorze gazowej poniosła również grupa 77 radzieckich jeńców wojennych, inwalidów przywiezionych z frontu wschodniego.

Innymi metodami, jakie zastosowano w ramach akcji „SB”, było rozstrzeliwanie strzałem w potylicę w pomieszczeniach krematorium czy też „szpilowanie”, czyli uśmiercanie zastrzykiem z fenolu, którą to metodę stosowano już od 1940 r. w celu likwidacji więźniów chorych psychicznie.

Naczelnym lekarzem KL Stutthof od kwietnia 1942 r. do 4 kwietnia 1945 r. był SS-Hauptsturmührer dr Otto Heidl. To on brał udział w selekcjach chorych więźniów w szpitalu obozowym, on prowadził nadzór podczas prowadzonej bezpośredniej akcji zagłady w komorze gazowej, likwidując transport inwalidów – radzieckich jeńców wojennych oraz wypełniając polecenia władz zwierzchnich w Berlinie odnośnie likwidacji Żydówek, jako jednostek nieproduktywnych.

W styczniu 1945 r. wojska radzieckie znajdowały się w odległości 40 – 50 km od Stutthofu. Zbliżanie się frontu wschodniego miało decydujący wpływ na podjęcie decyzji o ewakuacji obozu. 25 stycznia 1945 r. po zarządzony